Matrikamantra (1998) è un doppio per metà realizzato in studio e per metà live. Nell’album in studio si segnalano soprattutto le atmosfere elettroniche di Joseph Budenholzer.

Widowspeak (1999) è una retrospettiva della sua carriera.

La Lunch canta sul mini-album Champagne Cocaine And Nicotine Stains (2002) accompagnata dal duo di Los Angeles Anubian Lights.

Smoke In The Shadows (2004), il primo album di Lydia Lunch in sei anni, ricostruisce l’anemica e decadente atmosfera di Queen Of Siam ventiquattro anni dopo. Da allora non è cambiato molto: spalleggiata da una brigata di musicisti a lei congeniali, (il chitarrista Nels Cline, il sassofonista Vinny Golia, il tastierista Len del Rio, le vocalist Adele Bertei e Carla Bozulich), Lunch scava nel suo universo depresso di vite disperate e insignificanti, accompagnata da un lounge noir jazz notturno, languido, fumoso e kitsch: il pezzo parlato Hangover Hotel con tromba, vibrafono e chitarra distorta, il forte Johnny Behind the Deuce per corni dissonanti ruggenti, vibrafono tintinnante e tamburi trascinanti, il sussurrato Smoke In The Shadows con pianoforte onirico, vacillanti strumenti esotici, flauto da incantatore di serpenti, basso funky e assolo di chitarra funky, la sensualmente cantilenante I Love How You per orchestra dal ritmo lento, la drammatica Portrait Of The Minus Man su fiati urlanti pieni di suspense, ecc.
Allo stesso tempo aggiorna con successo i suoi cliché all'era del rap: la demoniaca Lost World, Touch My Evil su poliritmi latini e pattern di pianoforte minimalisti, la rilassante Blame su jam rilassate ed elettronica vintage, e soprattutto la vibrante, isterica e accorata Trick Baby.
La sua voce, che non riesce a cantare, recupera emozioni in una discarica esistenziale devastata dal nichilismo. Lydia Lunch geme dolcemente sul carillon reggae di Sway, poi borbotta sui ritmi frenetici e sui lamenti strumentali cosmici (che lentamente si fondono in jam jazz) di Pass Like Night. La performance parlata da sei minuti di Hot Tip (intrisa di suoni della giungla e ritmi voodoo sincopati) incapsula sia lo stile di Patty Smith (Land) che lo stile di Jim Morrison (The End), coronando la sua maturazione come una grande, istrionica sciamana di musica rock.
Le "canzoni" ripetono in formati diversi la stessa ossessiva sensazione di torpore, la visione di una vita che si sta lentamente decomponendo. Lunch, l'inventore virtuale del kitsch postmodernista, è un genio che vive in una dimensione spazio-temporale diversa dal resto del mondo della musica.

Hangover Hotel (WidowSpeak, 2001) raccoglie collaborazioni dal 1995 al 2000, sia parlate che cantate.

Memory and Madness (WidowSpeak, 2003) documenta un'esibizione dal vivo con il sassofonista e trombettista Terry Edwards del 2003.

Touch My Evil (WidowSpeak, 2006) documenta una performance dal vivo con Anubian Lights del 2002 che fece seguito all'EP collaborativo Champagne, Cocaine And Nicotine Stains (2002), praticamente una ripresa del programma decadente di Queen Of Siam. L'EP offriva il dozzinale numero swing di Nothing But Trouble, la delirante e sensuale esibizione di femme-fatale di Champagne, Cocaine And Nicotine Stains, l'esotica novità strumentale Guernicana, la fanfara tribale e orgiastica di Potango Tango.
L'album dal vivo aggiungeva brani da Smoke In The Shadows e la tribale e apocalittica Creatura, con un organo che simula Light My Fire dei Doors, il maestoso sermone alla Nick Cave Hotel Room, l'orgasmico sabbah elettronico Cry Murder, il nuovo numero di swing frenetico One Body Too Many.

Fueling the Rose of Fire (WidowSpeak, 2006), con Mark Cunningham (dei Mars) alla tromba, documenta un'esibizione dal vivo del 2005 (inclusi due brani parlati).

Deviations on a Theme (2007) è una retrospettiva della carriera.

Shut Up and Bleed (Atavistic, 2008) raccoglie le registrazioni dei Teenage Jesus and The Jerks e Beirut Slump.

Twist Of Fate (Monotype, 2011) è una collaborazione con il polistrumentista Philippe Petit composta nel 2008. Contiene il video di una performance dal vivo dell'ottobre 2009, Psychic Anthropology, con Lunch alla voce, Petit all'elettronica e Joseph Budenholzer al piano.

Lydia Lunch, il chitarrista Weasel Walter, il bassista Algis Kizys e il batterista Bob Bert hanno registrato vecchio materiale di Lydia Lunch su Retrovirus (ugExplode, 2013).

Retrovirus è poi diventato un progetto con Weasel Walter (chitarra), Tim Dahl (basso) e Bob Bert (batteria) che ha debuttato con l'album live Urge To Kill (Widowspeak/Brava, 2015), dedicato principalmente a vecchie canzoni di Lydia Lunch e dei Suicide.