Bandwidth (Cuneiform, 2002), registrato dal quartetto di Manna/Mirage, composto da Newhouse, Sears, Swann e Scott, è il primo album in studio dei Muffins in due decenni. I tempi sono cambiati. È finita la nevrosi della new wave, sono finite le posture avant-rock, sono finiti i ritmi spigolosi. I Muffins suonano un jazz-rock rilassato con una solida base ritmica e arrangiamenti pieni di sentimento guidati dagli strumenti a fiato. World Maps viene salvato dalla caduta nella categoria "new age" da una chitarra in stile Shaft e, verso la fine, da un tema deliziosamente frenetico nei fiati. Dear Mona è certamente orecchiabile, ma difficilmente più audace della maggior parte del soft-jazz generico trasmesso dalle radio mainstream. Alcuni brani sono suggestivi e inquietanti alla Weather Report (Military Road). People In The Snow presenta dialoghi più intricati tra gli strumenti a fiato mentre Out Of The Boot mostra una certa tensione armonica, al limite del cacofonico; ma nel complesso il procedimento si mantiene entro un range easy listening.
Rispetto ai loro capolavori, questa è musica per yuppie nostalgici o in pensione.

Il vero ritorno alla forma è avvenuto su Double Negative (Cuneiform, 2004). Spinti dai suoni fantasmagorici delle ance di Thomas Scott, delle tastiere di Dave Newhouse e da una delle sezioni ritmiche più affidabili del tock, i Muffins decostruiscono la danza folk (The Highlands), il romantico easy-listening (Childhood's End), il bebop jazz (Choombachang, uno dei migliori), le colonne sonore televisive degli anni '60 (Exquisite Corpse), ecc.
Ma questi brani spesso mancano di un centro di massa, consentendo strutture cinematografiche che sono fantasie melodiche orribilmente deformate (Writing Blind, Angel from Lebanon). I Muffin mostrano anche una passione per la creazione di scherzi di vario tipo (The Ugly Buttling, Stethorns Punctum). La sinfonia per mini-archi di Newhouse They Come on Unknown Nights avrebbe meritato un trattamento più esteso invece di trasformarsi subito in un altro scherzo. Ma, lungi dall'essere una parodia, il maestoso tema orecchiabile di Frozen Charlotte è il loro più serio tentativo di musica pop sin dall'inizio.
Anche se povero di sostanza, questo è il loro album più lungo, nonché la produzione più varia e più elegante.

Loveletter #2 (2005) documenta un'improvvisazione dal vivo dei Muffins e dei sassofonisti Marshall Allen e Knoel Scott, della Sun Ra Arkestra, di gran lunga la loro registrazione più astratta e audace.

I Muffins (il bassista Billy Swann, il batterista Paul Sears e i polistrumentisti Dave Newhouse e Thomas Frasier Scott) hanno registrato nel 2008 la musica che poi è apparsa su Palindrome (Musea, 2010) e Mother Tongue (Hobart, 2012).

Baker's Dozen (Cuneiform, 2022) è un cofanetto di 13 dischi che raccoglie registrazioni inedite dal vivo e in studio, dal 1975 al 2010.